菌群移植(fecal microbiota transplantation,FMT) 作为重建肠道的有效手段，已用于难辨梭状芽孢杆菌 (Clostridium diffcile) 感染等多种相关性疾病的治疗和探索性研究，并被认为是近年的突破性医学进展。目前已在全球开始探索用来治疗特定状态 ( 或特定类型 ) 的难治性肠道感染、难治性炎症性肠病、癫痫病、肝病、肿瘤合并的肠道疾病、糖尿病合并的神经病变以及自闭症合并的过敏症等 ( 统称肠道相关性疾病 )疾病。 

      目前，菌群移植的供体主要来自于异体，异体来源供体的筛选方法是在纳入标准下使用严格的“排除法”，是用药史、病史、感染与常见病原体检验指标等进行筛查，排除可能影响肠道的因素，从而获得最健康的供体。供体的筛选和严格管理已成为菌群移植的关键环节，另外，在移植过程中，如何进行效果评价、如何分析样本、如何积累临床数据已成为急需求解决的重要问题。肠道菌群移植管理系统即为解决此类问题，适用于各种开展菌群移植业务的医疗机构。